Wdrożenie systemu WMS jakkolwiek konieczne na pewnym etapie rozwoju biznesu, nie jest procesem który można zamknąć w kilku czy kilkunastu tygodniach. Należy raczej przygotować się na miesiące, nierzadko nawet dwanaście i więcej. Oprócz strony technicznej i pierwotnej konfiguracji funkcjonalności, najdłużej trwa zwykle ich dostrajanie wraz z coraz lepszym opanowywaniem przez magazynierów i kierownictwo magazynu nowych możliwości jakie daje WMS, zwłaszcza w obszarze analizy efektywności procesów i ich stopniowej optymalizacji.