Optymalizacja procesów magazynowych czy redukcja kosztów magazynowania w sytuacji wdrożonego systemu WMS jest o wiele skuteczniejsze niż w razie jego braku. Do oczywistych korzyści zaliczyć trzeba przede wszystkim dynamiczne zarządzanie zapasami i możliwości obszernej analizy danych i dużo bardziej precyzyjne identyfikowanie potencjalnych wąskich gardeł. Do tego testowanie rozwiązań może się odbywać w krótszych okresach i wybranych strefach magazynu. Audyt magazynu i wdrażanie rozwiązań optymalizujących są prostsze trwają krócej.